導演：拉娜·沃卓斯基 莉莉·沃卓斯基 

主演：基努·裡維斯 勞倫斯·菲什伯恩 凱瑞-安·莫斯 雨果·維文 賈達·萍克·史密斯 凱特·賓漢 瑪麗·愛麗絲 莫妮卡·貝魯奇 埃茜·戴維斯 克里斯托弗·卡比 羅伯特·馬莫內 羅賓·奈文 吉娜薇·歐瑞麗 諾娜·加耶 納撒尼爾·利斯 哈里·列尼斯 哈羅德·佩裡諾 魯伯特·雷德 凱文·邁克爾·理查德森 大衛·羅伯茨 布魯斯·斯賓斯 吉娜·託瑞斯 克萊頓·華生 赫爾穆特·巴凱蒂斯 鄒兆龍 喬·曼寧 Tanveer K. Atwal 拉黑·休姆 康奈爾·韋斯特 伯納德·懷特 朗貝爾·維爾森 安東尼·布蘭登·黃 安東尼· 

　　第二集中，尼奧（基努·裡維斯 Keanu Reeves 飾）沒有能從內部摧毀“母體”，他的身體在真實世界的飛船上陷於昏迷，思想卻被困在介於“母體”和真實世界的中間地帶，這個地方由“火車人”控制。墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 飾）和崔妮蒂（凱瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 飾）等人知道了尼奧的情況，在守護天使的帶領下， 找到了“火車人”的控制者梅羅紋奇，經過一番激鬥，將尼奧救了出來。　　此時，電子烏賊部隊對錫安發起了猛烈的攻擊，人類組織所有機甲戰士展開頑強的抵抗，形勢危在旦夕；尼奧和崔妮蒂駕駛了一艘飛船克服重重困難，到達機器城市，尼奧終於見到了機器世界的統治者“機器大帝”，雙方談判並達成了協議：尼奧除掉不受“母體”控制的史密斯，以換取錫安的和平。　　在“母體”中，尼奧和史密斯展開了關係人類生死存亡的最後決鬥。